تخلیه و بارگیری شناورها صرفاً در مناطق مشمول (مناطقی که سازمان بنادر و دریانوردی و گمرک جمهوری اسلامی ایران که در این آییننامه گمرک نامیده میشود در آن استقرار دارند) مجاز بوده و ورود و خروج شناورها با مجوز سازمان بنادر و دریانوردی انجام میشود.
سازمان بنادر و دریانوردی مکلف است با همکاری گمرک جمهوری اسلامی ایران و ستاد مرکزی مبارزه با قاچاق کالا و ارز، ظرف سه ماه از تاریخ لازمالاجراء شدن این آییننامه، نسبت به تدوین شیوهنامه اجرایی نحوه و چگونگی استقرار عوامل آن سازمان در مناطق مشمول این آییننامه برای ایفای کلیه تعهدات اقدام نماید. (اصلاحی مصوب ۱۳۹۷/۳/۹)
گمرک مکلف است در اجرای این آییننامه ضمن تأمین نیروی انسانی و تجهیزات مورد نیاز، مجوز انجام تشریفات گمرکی کالای تجاری مازاد بر معافیت ملوانی را با رعایت تبصره (۱) ماده (۷) صادر نماید.
معافیت کالای ملوانی مذکور در ماده (۷) این آییننامه، شامل معافیت از پرداخت حقوق ورودی و سایر وجوهی که به موجب قانون و مقررات، گمرک مسئول وصول آن است تا سقف تعیین شده در ماده فوقالذکر میباشد.(اصلاحی مصوب ۱۳۹۷/۳/۹)
سازمان بنادر و دریانوردی مکلف است با همکاری گمرک جمهوری اسلامی ایران، ستاد مرکزی مبارزه با قاچاق کالا و ارز و وزارت کشور، ظرف سه ماه نسبت به تدوین و تصویب طرح ساماندهی بنادر کوچک مشمول این آییننامه اقدام نماید.(الحاقی مصوب ۱۳۹۷/۳/۹)